Celem głównym projektu "Program działań dla miejskich obszarów funkcjonalnych Bydgoszczy i Torunia w nowej perspektywie finansowej 2014-2020"jest przygotowanie partnerów projektu do nowej perspektywy unijnej 2014-2020 oraz zintegrowanego terytorialnie zarządzania rozwojem w ramach wspólnego obszaru lub obszarów funkcjonalnych.

Projekt w szczególności zakłada:
1. Delimitację dla miejskich obszarów funkcjonalnych Bydgoszczy (Bydgoskiego Obszaru Funkcjonalnego- BOF) i Torunia (Toruńskiego Obszaru Funkcjonalnego-TOF).
2. Opracowanie Strategii Zintegrowanych Inwestycji Terytorialnych.
3. OpracowanieStudium Uwarunkowań Rozwoju Przestrzennego Obszarów Funkcjonalnych.
4. Opracowanie strategii rozwoju obszarów funkcjonalnych:
    a. Strategii Rozwoju Bydgoskiego Obszaru Funkcjonalnego,
    b. Strategii Rozwoju Toruńskiego Obszaru Funkcjonalnego,
    c. Strategii Rozwoju Bydgosko-Toruńskiego Obszaru Funkcjonalnego.
5. Przygotowanie Dokumentów Strategicznych:
    a. Program strategiczny gospodarka i rynek pracy, w tym monitoring podaży i popytu na pracę
    b. Program Rewitalizacji Miast z uwzględnieniem zdobytego przez Miasta doświadczenia oraz wypracowaniem metodologii dotyczącej połączenia  aspektu społecznego z infrastrukturalnym,
    c. Program rozwoju szkolnictwa wyższego,
    d. Program zabezpieczenia opieki zdrowotnej dla mieszkańców
6. Wsparcie w zakresie przygotowaniapropozycji projektów wraz zdokumentacją dla przedsięwzięć, które mają być finansowane ze środków funduszy strukturalnych w ramach perspektywy finansowej 2014-2020.